Burundi ligger cirka 800–2500 meter över havet. Två regnperioder, den korta mellan oktober och december, och den långa mellan mars och maj, delar upp året i fyra säsonger. Tidvis förekommer kraftiga regn såväl under regn- som torrperiod, vilket kan leda till jordskred och/ eller översvämningar i de större floderna. Jordbävningar i närliggande regioner har känts av i Burundi, men inga dödsfall eller skador på infrastrukturen har förekommit.