En av de största farorna i Indonesien är trafiken. Svenskar bör iaktta försiktighet, inte minst vid motorcykeltransport. Turister är ofta inblandade i motorcykelolyckor, inte minst på Bali, med allvarliga följder. Hjälm bör alltid bäras vid motorcykeltransport.  

Enligt lag krävs internationellt körkort för bil och motorcykel för utlänningar som vill köra bil eller motorcykel i Indonesien. Uthyrningsfirmor, särskilt, av motorcyklar, bortser ofta från detta krav och hyr ut motorcyklar till turister trots att de inte har internationella MC-kort. Poliskontroller är vanligt förekommande och böter utfärdas rutinmässigt. Avsaknad av internationellt MC-kort kan också påverka försäkring i samband med olyckor. 

Vägtrafik

Förutom det underdimensionerade vägnätet och det ökande antalet bilar är mängden motorcyklar ett riskmoment, samt att trafikreglerna följs bristfälligt. Man bör vara särskilt försiktig vid toppar i trafiken såsom i samband med Lebaran (slutet av fastemånaden Ramadan), då vägarna är extremt ansträngda av de stora mängder människor som reser hem från storstäderna.

Flygtrafik

Flertalet indonesiska flygbolag var under många år förbjudna att flyga inom EU på grund av brister i säkerhet. Efter att förbättringar skett, är numera samtliga indonesiska flygbolag tillåtna att fyga inom EU För mer information samt listan över flygbolag som är förbjudna inom EU se EU:s hemsida: EU Air Safety . 

I oktober 2018 kraschade en Lion Air flight på väg från Jakarta till Bangka. Samtliga ombordvarande omkom. Mindre tillbud med plan som sladdar av landningsbanor är relativt vanliga, men medför sällan personskador. 

Många indonesiska flygbolag drabbas ofta av förseningar. Garuda och Citilink anses vara något mer pålitliga än övriga. 

Båttrafik

Ett stort antal lokala passagerarbåtar trafikerar vattnen mellan Indonesiens öar. Svåra båtolyckor förekommer och det rapporteras inte sällan om att maxgränsen för antal passagerare överskrids. Enskilda seglare bör vara medvetna om att det förekommer pirater i Indonesiens farvatten. Uppdaterad information finns på webbplatsen Piracy Report.