Klimatet i Jordanien varierar. I Jordandalen och vid Döda havet är klimatet närmast tropiskt. Bergskedjan öster om Jordandalen har inslag av Medelhavsklimat. Klimatet i Amman är förhållandevis svalare än i kuststaden Aqaba därför att staden ligger på cirka 950 meters höjd över havet.

Medeltemperaturen för Amman är om sommaren 27 grader och om vintern cirka 10 grader. På senare år har temperaturen periodvis överstigit 40 grader dagtid under sommaren. Vintern utgörs av en regnperiod november-mars, då temperaturen kan sjunka till nollpunkten. Vid kraftiga regn (och även snö) finns risk för översvämning. Då väderförhållanden påverkar sikt och väglag är det vanligt att framkomligheten i trafiken försämras eller stoppas. Sandstormar förekommer och kan, beroende på styrka, bidra till att flyg ställs in. 

Vattenbristen är Jordaniens största klimatproblem och blir allt mer dramatiskt. Under sommarmånaderna förekommer för det mesta ransonering. Endast 25 procent av landets totala yta är odlingsbar och ytan minskar pga bristfällig nederbörd.

Jordanien ligger i ett seismiskt aktivt område. Jordbävningar förekommer, oftast i liten omfattning. Den kraftigaste jordbävningen i modern tid ägde rum i Aqaba 1995. Jordbävningen mätte 7,3 på richterskalan. Det finns inga aktiva vulkaner i Jordanien.