Som i övriga delar av världen föreligger det även hot om terrorattacker i Malaysia. En terrorhandling kan inträffa på platser där turister samlas och drabba människor slumpartat. Under 2015 och 2016 har flera arresteringar skett av personer som uppges ska ha planlagt attacker i Malaysia. Den första bekräftade IS-attacken i Malaysia genomfördes den 28 juni 2016 då två handgranater kastades in i en bar i Kuala Lumpur vid namn Movida Bar och åtta personer skadades. Malaysiska myndigheter har lyft fram att malaysiska terrorister som återvänder från Syrien och Irak kan innebära en ökad risk för attentat i allmänhet och inte minst i östra Borneo om dessa personer reser dit för att försöka ta sig till södra Filippinerna.
Allmänna råd till resenärer är att vara påläst och medveten om de hot och risker som finns i landet man reser till. Man bör vara uppmärksam på sin omgivning och på det som verkar udda eller avvikande i sammanhanget, särskilt på platser med stora folksamlingar som till exempel större evenemang, offentliga platser, i och omkring offentliga byggnader, vid turistattraktioner, på allmänna transportmedel, på marknader och i butikscentra. Man bör hålla sig informerad om situationen i landet och noga följa de lokala myndigheternas anvisningar i säkerhetsfrågor.