Under torrperioden i november till april förekommer den torra och sandiga Harmattanvinden från Sahara. Luften blir fylld av damm som gör sikten dålig, vilket kan påverka flygtrafiken. Andningsvägarna, huden och ögonen påverkas av den torra och sandiga luften. Astmatiker och allergiker kan därför få problem.

Under regnperioden i juni till oktober regnar det ofta mycket kraftigt och det finns risk för översvämning, särskilt i flodnära områden. Vattenburna sjukdomar utgör en större risk under regnperioden, framförallt på landsbygden. Allvarliga översvämningar drabbar med regelbundenhet många stater i Nigeria, särskilt delstaterna Anambra, Bayelsa, Adamawa, Delta, Kwara, Taraba, Plateau, Katsina, Niger, Cross River, Jigawa, Kogi, Benue, Rivers och Edo.