Sedan december 2013 pågår en inbördes konflikt i Sydsudan. Strider förekommer löpande framförallt i de norra och södra delarna (se ovan) men även på andra håll i landet. Genomförandet av det fredsavtal som undertecknades i augusti 2015 går mycket långsamt

Situationen i Juba försämrades påtagligt under oroligheterna i juli 2016 men har förbättrats den senaste tiden och är nu relativt lugn och säker (se ovan). . Säkerhetsläget är ännu inte tillfredsställande längs vägen från Juba mot gränsen till Uganda.

Det finns omkring 1,8 miljoner internflyktingar i Sydsudan medan över 1,7 miljoner människor beräknas ha flytt till grannländerna i regionen, främst Uganda. Matosäkerheten i landet är omfattande. I februari 2017 meddelade FN att omkring 100 000 människor levde i svält i delstaten Unity i norra Sydsudan. Resor inom Sydsudan är svåra och tidsödande att genomföra på grund av otillräckligt vägnät, särskilt under regnperioden då delar av vägnätet ofta förstörs. Det rapporteras återkommande om fordon som stoppats av väpnade grupper i bakhåll utmed vägarna och där passagerarna skadats eller dödats. Senast i slutet av mars 2017 stoppades och dödades sex humanitära hjälparbetare och ytterligare en person i samma fordon på väg från Juba till Pibor i mellersta Sydsudan. Säkerhetsläget bör alltid noga analyseras och beaktas.