Försvarsavdelningen vid ambassaden lyder direkt under Försvarsmaktens högkvarter. Huvuduppgiften är att främja och administrera det svensk – tjeckiska militära samarbetet inom olika områden. Exempel på sådant samarbete är utbyte av erfarenheter rörande försvarsrationaliseringar med tonvikt på personal-, utbildnings- och utrustningsfrågor, samarbete rörande miljösanering, forskning och teknikutveckling samt deltagande i internationella fredsfrämjande missioner.
Tjeckien är medlem i NATO och Sverige är medlem i den associerade organisationen "Partnership for Peace" (PfP). Samarbetet inom ramen för PfP främjar ökad interoperabilitet. Samarbetet ger också flera möjligheter till gemensam utbildning och samövning mellan svenska och tjeckiska militära enheter liksom med enheter från andra PfP-nationer. Övningarna ger goda möjligheter att förbereda framtida fredsfrämjande insatser.
Som medlemmar i Europeiska unionen är Sverige och Tjeckien partners i arbetet med att skapa och upprätthålla EU:s krishanteringsförmåga. Det svensk – tjeckiska militära samarbetet kan därför komma att öka i framtiden.
Försvarsavdelningen vid ambassaden medverkar i planering och genomförande av militära högnivåbesök från Sverige till Tjeckien. Vid försvarsavdelningen handläggs också diplomatiska tillståndsärenden. Exempel på detta är svensk militär personals besök i Tjeckien, transporter av svenska militära förband och utrustning till eller genom Tjeckien samt överflygnings- och landningstillstånd för svenska statsluftfartyg.
Tjeckiens beslut i maj 2014 att förlänga leasingavtalet avseende 14 stycken JAS 39 C/D Gripen till minst 2026 är en viktig beståndsdel i det långsiktiga goda samarbete som utvecklats sedan det första avtalet tecknades 2004. Tjeckien började använda JAS 39 C/D Gripen 2005.
